Que ce soit sur terre ou en mer, la faune et la flore locale subissent les modifications globales du climat, les impacts engendrés par les activités humaines, et la compétition avec les espèces non-natives. Lorsque des espèces se font plus rares, c’est tout l’écosystème et l’équilibre des chaînes alimentaires qui sont modifiés, entraînant des conséquences en cascade qui sont difficilement prévisibles.

Saint-Barthélemy porte une responsabilité dans la conservation des espèces emblématiques et menacées de l’île (telles que l’iguane des Petites Antilles ou l’orchidée violette des Iles du Nord par exemple), mais également dans la préservation de toutes les espèces locales. Les agents de l’ATE interviennent dès que nécessaire pour assister la faune sauvage et capturer des espèces invasives.

En milieu insulaire plus particulièrement, l’urbanisation et le défrichement engendrent une érosion des sols qui résulte en une perte de biodiversité terrestre mais également en des apports terrigènes et nutritifs néfastes pour l’équilibre du milieu marin. Afin d’éviter la sédimentation des écosystèmes côtiers, il est indispensable de limiter le piétinement et le broutage occasionnés par les cabris sauvages de l’île. Leur population va donc faire l’objet de mesures de régulation.